Jest agentem FBI, współpracującym z ludźmi odpowiedzialnymi za wrobienie Lincolna. Mahone ma żone Pam i syna, jednak nie mieszka z nimi i niechętnie o nich wspomina. Jest on uzależniony od narkotyków, które trzymają go przy życiu i pomagają opanować stres i bezsenność. Alexandra poznajemy dopiero w drugim sezonie. Mahone w serialu jest agentem FBI, który ma za zadanie złapać Michaela Scofielda z cała reszta uciekinierów, i wysłać ich spowrotem do Fox River. Jednak pewne komplikacje zmieniają całkowitu plan działania agenta. Szybko rozpracowywuje plan Michaela, który on sam planował pare miesięcy przed dostaniem sie do więzienia. Zdobywa jego twardy dysk, zatopiony w rzece i odzyskuje dwanaście procent danych. To mu pomaga bardziej sprecyzować ruchy i zachowanie Scofielda. Od teraz jest on jego największym wrogiem,przewiduje każdy jego krok.