Michael Scofield musi przewidzieć każdy kolejny krok, jeśli jego świetna strategia ma się powieść. Jego starszy brat, Lincoln Burrows został wrobiony w morderstwo, którego nie popełnił i skazany na śmierć. Mimo jednoznacznych dowodów, wskazujących na jego winę, Michael postanawia ratować go za wszelką cenę. W czasie gdy on przygotowuje ich uwolnienie z
Fort River – więzienia, z którego jeszcze nikt nie uciekł, młoda
prawniczka i zarazem była przyjaciółka Lincolna, Veronica Donovan stara się wyjaśnić wątpliwości związane z jego sprawą, ale napotyka na mur niechęci i nieustanne przeszkody ze strony agentów rządowych. Michael zna najsłabszy punkt tego więzienia. Strażnikom podrzuca błędne tropy (kim jest Allen Schweitzer?) Potrafi też umiejętnie manipulować zarządcą tego zakładu karnego, Henrym Popem (Stacy Keach). Ale w każdej chwili grozi muś ś miertelne niebezpieczeństwo. Za murami cisza przed burzą. Biali i czarni więźniowie tworzą dwa skrajnie nienawidzące się obozy – wystarczy iskra, by rozpoczęła się rzeź. Do realizacji swojego planu Michael musi jednak angażować współwięźniów z obu frakcji, przez co jeszcze dodatkowo się naraża. Najtrudniejsze okazuje się jednak skłonienie do współpracy szczególnego współwięźnia, Abruzzi’ego. Michael dysponuje informacją, bezcenną dla mafii, ale negocjacje z Abruzzi’m mogą go kosztować życie…